เบื้องต้น คณะอนุกรรมการฝ่ายออกแบบ ได้ออกแบบอาคารศาสนสถานในวัดแห่งนี้ และประมาณราคาการก่อสร้างอยู่ในวงเงินประมาณ 100 ล้านบาท เพื่อให้สมพระเกียรติ แต่เมื่อนำความกราบบังคมทูลแล้ว พระบาทสมเด็จพระมหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร ได้มีพระราชกระแสรับสั่งให้ปรับแบบพระอุโบสถและอาคารอื่น ๆ ให้มีขนาดเล็กลง เพราะมีพระราชประสงค์ให้เป็นเพียงวัดเล็ก มีโบสถ์เล็ก มีกุฏิเล็ก ไม่โปรดให้สร้างวัดขนาดใหญ่ และให้ใช้งบประมาณไม่เกิน 10 ล้านบาท นอกจากนี้ สภาพพื้นที่ก็ไม่เหมาะที่จะสร้างเป็นวัดใหญ่ ทรงเน้นเพื่อให้มีพระไว้สั่งสอนชาวบ้านในบริเวณบึงพระราม 9 เน้นให้เอื้อประโยชน์ต่อชุมชนเป็นสำคัญ อีกทั้งให้ยึดหลักความประหยัด เรียบง่าย และเกิดประโยชน์สูงสุด ดังนั้น คณะอนุกรรมการฯ จึงได้ออกแบบอย่างง่าย ไม่หรูหรา ประกอบด้วยพระอุโบสถ ศาลาอเนกประสงค์ กุฏิเจ้าอาวาส กุฏิพระ จำนวน 5 หลัง หอระฆัง โรงครัว มีอาคารสะอาด สวยงาม และบริเวณพื้นที่โดยรอบให้ปลูกพันธุ์ไม้นานาชนิดทั้งไม้ป่าและพันธุ์ไม้หายากในลักษณะป่าผสมผสาน เพื่อให้เกิดร่มเงาและความร่มเย็นแก่พุทธศาสนิกชนทั่วไปที่เข้ามาประกอบกิจกรรมทางพระพุทธศาสนา

ในส่วนของพระอุโบสถ จะเป็นลักษณะผสมผสานกลมกลืนระหว่างสถาปัตยกรรมสมัยโบราณผสมผสานกับสถาปัตยกรรมสมัยใหม่ ก่อให้เกิดความเป็นเอกลักษณ์ โดยคำนึงถึงประโยชน์แห่งการใช้สอยเป็นสำคัญ และเมื่อวันที่ 2 ตุลาคม พ.ศ. 2540 กระทรวงศึกษาธิการจึงได้ประกาศตั้งวัดพระราม ๙ กาญจนาภิเษก เป็นวัดในพระพุทธศาสนาอย่างสมบูรณ์

ในการนี้ พระบาทสมเด็จพระมหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร ได้พระราชทานพระบรมราชานุญาตให้ยกฐานะวัดพระราม ๙ กาญจนาภิเษก เป็นพระอารามหลวงชั้นตรีเป็นกรณีพิเศษ เนื่องในโอกาสพระราชพิธีมหามงคลเฉลิมพระชนมพรรษา 6 รอบ 5 ธันวาคม 2542 และได้ผ่านความเห็นชอบของมหาเถรสมาคมเมื่อวันที่ 12 ธันวาคม พ.ศ. 2542